Система работает так: за правильность данных отвечает налогоплательщик, но их распределением занимается банк, делает он это на основании операций по расчетному счету и кассовых операций. Налоговая на основании этих данных считает налог. 

То есть банк принимает все операции и размечает их таким образом, чтобы было понятно, уменьшают они налоговую базу или нет. 

Есть Методические рекомендации (https://www.nalog.gov.ru/html/sites/www.new.nalog.ru/doc/meth_asn.pdf) по разделению безналичных операций по счетам налогоплательщиков, применяющих АУСН.⁠